Αμέσως μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης η Τουρκική Διοίκηση ήθελε να πείσει τους κυριευμένους λαούς ότι θα διοικεί δίκαια και το εφάρμοσαν παραχωρώντας θρησκευτικές ελευθερίες. Κι αυτό γιατί οι Οθωμανοί, προκειμένου να οργανώσουν πιο αποτελεσματικά τη διοίκηση του βυζαντινού κόσμου που σταδιακά κατακτούσαν, δεν παραχώρησαν μόνο θρησκευτική ελευθερία σε όσους πίστευα στη Βίβλο –δηλαδή τους Εβραίους, τους Αρμενίους και τους Ελληνορθόδοξους– αλλά τους έδωσαν και το δικαίωμα να ορίζουν τους θρησκευτικούς τους ηγέτες. Ο καθένας απ’ αυτούς τους θρησκευτικούς ηγέτες ήταν υπόλογος απέναντι στον Κυρίαρχο για τη συμπεριφορά του ποιμνίου του και για την καταβολή των φόρων. Όταν κάτι δεν πήγαινε καλά, ο αντίστοιχος ηγέτης –στη δική μας περίπτωση ο Πατριάρχης της Κωνσταντινούπολης- πλήρωνε, ακόμη και με τη ζωή του. Αυτή ήταν μια συμφωνία που κλείστηκε αμέσως μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης. Η πρωτοβουλία ήταν του Μωάμεθ Β΄ του Πορθητή όταν όρισε πρώτο Οικουμενικό Πατριάρχη τον Γεννάδιο Σχολάριο. Βεβαίως έτσι ο Πατριάρχης και ολόκληρος ο κλήρος έγιναν κατά κάποιον τρόπο, όμηροι του Σουλτάνου. Εξασφάλισαν όμως το δικαίωμα των χριστιανών να διατηρούν την πίστη τους, να έχουν και να λειτουργούν τις εκκλησίες τους. Καθώς δε ο Προφήτης Μωάμεθ είχε ορίσει πως στην εξουσία του θρησκευτικού αρχηγού ανήκουν τα της θρησκείας, της δικαιοσύνης και της παιδείας, είχε και ο ορθόδοξος κλήρος το δικαίωμα να λύνει κάμποσες από τις διαφορές του ποιμνίου του σε δικά του, εκκλησιαστικά δικαστήρια και να ιδρύει σχολεία, τα οποία και να επιβλέπει.
ΣΤΗΝ ΠΡΑΓΜΑΤΙΚΟΤΗΤΑ ΟΙ ΟΘΩΜΑΝΟΙ ΔΙΟΙΚΟΥΣΑΝ ΜΕ ΜΙΑ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΗ ΣΚΕΨΗ ΤΗΝ ΟΠΟΙΑ ΠΡΕΠΕΙ ΝΑ ΓΝΩΡΙΖΟΥΝ ΚΑΙ ΟΛΟΙ ΟΙ ΣΗΜΕΡΙΝΟΙ ΕΛΛΗΝΕΣ.
Θεωρητικά ο Σουλτάνος θα μπορούσε να εξαφανίσει κάθε κατάλοιπο του Βυζαντίου, αφομοιώνοντας με καταναγκασμό τους λαούς. Εδώ όμως συναντούσε το μεγάλο εμπόδιο της θρησκείας του, που του απαγόρευε να εξισλαμίσει διά της βίας – αλλά επίσης του απαγόρευε και να φορολογεί βαριά τους μουσουλμάνους. Επομένως αν όλοι οι κατακτημένοι αλλαξοπιστούσαν, τότε ο Σουλτάνος δεν θα είχε ποιον να φορολογήσει. Κι αν πάλι έκοβε όλα τα κεφάλια όλων των κατακτημένων που δεν είχαν αλλαξοπιστήσει, πάλι δεν θα είχε ποιον να φορολογήσει. Αυτό μάλιστα ακριβώς υπέδειξε στον Σελήμ Β΄(16ος αιών) ο Μεγάλος Βεζίρης του, ο Μεχμέτ Σοκόλλης, όταν εκείνος ο Σουλτάνος θέλησε κάποια στιγμή να κάμει όλους τους υπηκόους του μωαμεθανούς. «Ό,τι διατάξεις, αφέντη», του είπε ο Σοκόλλης, «μόνο να μου πεις μετά από πού θα βρω να γεμίσω τα ταμεία» Υπήρχε κι ένας πρόσθετος λόγος׃ οι Σουλτάνοι, που γύρευαν αντιστάθμισμα για να μην είναι υποχείριοι ούτε των Ουλεμάδων, δηλαδή των θρησκευτικών ηγετών, ούτε του στρατού τους, έβλεπαν χρησιμότατη την ύπαρξη των ραγιάδων, της δεξαμενής δηλαδή απ’ όπου αντλούσαν τους γενίτσαρους, μια Τρίτη ισχυρή τάξη εξαρτημένη απ’ ευθείας από τον θρόνο τους. Γι’ αυτούς λοιπό –και για μερικούς άλλους λόγους- οι Οθωμανοί έδωσαν σε όσους κατακτημένους πίστευαν στη Βίβλο (δηλαδή στους Χριστιανούς και στους Εβραίους) το δικαίωμα να κρατήσουν τη θρησκεία τους, εξαγοράζοντας την άδεια να κρατήσουν και το κεφάλι τους με την πληρωμή ενός φόρου, του κεφαλικού. Στο τέλος, οι χριστιανοί αγρότες, όσο κι αν δούλευαν, άλλο δεν κατάφερναν παρά να φτωχαίνουν, μέχρι που αρκετοί απαυδούσαν. Μάνα μ΄, σου λέω δεν μπορώ τους Τούρκους να δουλεύω, όπως λέει και το τραγούδι. ΄Ετσι λοιπόν, έβγαιναν στο κλαρί, δηλαδή πάνω στα βουνά και εκεί ζούσαν με κλεψιές.